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名古屋大学大学院生命農学研究科附属
鳥類バイオサイエンス研究センター
〒464-8601 名古屋市千種区不老町

ニワトリ	ウズラ
野生原種高度近交化系長期閉鎖系閉鎖系疾患モデル系育成系 TGニワトリ始原生殖細胞株（Primordial germ cell lines）	標準系大型系疾患モデル系ミュータント系 TGウズラ別種のウズラマイクロサテライトマーカー mtDNA多型情報遺伝的多様性アリル頻度分布図血液生化学データ GRAS-Di多型情報
表現型一覧遺伝的多様性接種中のワクチン血液生化学データ日本鶏の遺伝学的調査

ミトコンドリアD-loop領域の多型情報

ミトコンドリアDNAのDloop領域（278 bp）のハプロタイプと多型（Nunome et al. 2017）
プライマー：Forward 5'-CCTAACTCCCCTACTTAGTGTACC-3', Reverse 5'-TCTCGTGAGGTGTACGATCAAT-3'

由来	ハプロタイプ名	変異サイト (bp)
由来	ハプロタイプ名	7	68	145	152	163	164	170	173	186	193	214	225
実験用ウズラと野生ウズラ	JqD1	C	C	A	A	-	C	G	A	T	A	G	G
	JqD2	T	C	A	A	-	T	G	G	T	A	G	G
	JqD3	T	C	A	G	-	T	A	G	T	G	G	G
	JqD4	C	T	A	A	-	C	G	A	T	A	G	G
	JqD5	T	C	A	A	-	T	A	G	T	G	G	G
	JqD6	T	C	G	A	-	T	G	G	T	A	A	G
野生ウズラのみ	JqW1	T	C	A	A	T	C	G	G	T	A	A	G
	JqW2	T	C	A	A	-	T	G	G	C	A	G	G
	JqW3	T	C	A	A	-	C	G	G	T	A	G	A

実験用系統が保有しているハプロタイプ

系統名/ハプロタイプ	D1	D2	D3	D4	D5	D6
LWC	○
RWN			○		○
QUV			○
WE	○	○	○
AWE	○	○
AMRP		○
rb-TKP	○
NIES-L	○
NIES-Fr			○
NIES-Br	○
NIES-Hn	○
商業用ウズラ	○	○	○	○		○

ハプロタイプの系統関係

ニホンウズラのD-loop配列には大きく二つのグループがある。
D1とD4はヨーロッパの家禽ウズラのハプロタイプ（H1、F1W1など）とともにGroup1に属し、
D2、D3、D5、D6は野生ウズラのハプロタイプ（W1-W3、H63）とともにGroup2に属す。

ハプロタイプ判別用制限酵素サイト

NsiI SnaBI
ATGCA/T TAC/GTA
D1,D4は切れる D4は切れない
actatgyataatcgtgcatacatttatattccacatatactatggtaccggtaatatatattatataygtactaa 1 to 75

MvaI
CC/WGG
D6は切れない
acccattatatgtatacgggcattacatattgtccccatttctccccatgtacattagtgcatgctccargacat 76 to 150

HphI AccI MaeII
/(N)7TCACC GT/MKAC (88 bpにもあり) /GTNAC
D1,D4は切れる D1,D4は切れない D6は切れる
araccatacgttyacctartartagactttccacyaacaggrcaccataactatgaatggttrcaggacaaarc 151 to 225
MaeI BshNI(BanI)
C/TAG (258 bpにもあり) G/GYRCC
D3,D5は切れない D3,D5は切れる

ttactaaatacttagctccccatttggttatgctagacgtaccagatggattt 226 to 278

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ニワトリ	ウズラ
野生原種高度近交化系長期閉鎖系閉鎖系疾患モデル系育成系 TGニワトリ始原生殖細胞株（Primordial germ cell lines）	標準系大型系疾患モデル系ミュータント系 TGウズラ別種のウズラマイクロサテライトマーカー mtDNA多型情報遺伝的多様性アリル頻度分布図血液生化学データ GRAS-Di多型情報
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