NBRP ナショナルバイオリソース ニワトリ・ウズラ

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名古屋大学大学院生命農学研究科附属
鳥類バイオサイエンス研究センター
〒464-8601 名古屋市千種区不老町

ニワトリ ウズラ
野生原種高度近交化系長期閉鎖系閉鎖系
疾患モデル系育成系TGニワトリ
標準系大型系 疾患モデル系
ミュータント系TGウズラ 別種のウズラ
マイクロサテライトマーカー mtDNA多型情報
遺伝的多様性アリル頻度分布図
表現型一覧 遺伝的多様性

ウズラマイクロサテライトマーカー

Kawahara-Miki et al. (2013)にて作製された100個のウズラ用マイクロサテライトマーカーのリストです Locus Nameは「染色体番号_物理的位置(bp)」として表記してあります。
物理的位置は東京農業大学のウズラゲノムデータベース(http://www.nodai-genome.org/cgi-bin/gb2u/gbrowse/NGRC_Chicken-DB/)に基づきます。(*ただし、データベースの更新により位置は随時かわります。)
また、各マーカーの位置をニワトリゲノム上にマップした図を、染色体ごとに表示しています。

chr.01chr.02chr.03chr.04chr.05 chr.06chr.07chr.08
chr.09chr.10chr.11chr.12chr.13 chr.14chr.15chr.16
chr.17chr.18chr.19chr.20chr.21 chr.22chr.23chr.24
chr.25chr.26chr.27chr.28chr.Z chr.W


chr.01

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>01_001112334(CA)11AGGTCTTTTCCAGCCTTAAT20CTATTGGGTGATGTGTCCTT2055118 - 120
>01_023572982(CA)10AGGTAGGAAGGAAGGAACTG20TTGCTCTTGTTTTGTGTCAG2055158 - 160
>01_052831106(CA)9TTCAGATGACTGTGTTTTGC20GGGCTTTTATTTCCTTGTCT205568 - 70
>01_089677546(CA)14AAGCCTGGAGACATAACAGA20TGTTGCTTAGCCCTGATAAT2055196 - 213
>01_106286693(CA)17CCACAGGGTTTCAACTGAGG20GGCCTGCAAATGCCTTAAA2060119
>01_150288892(CA)19TGCCTGGATTGAGGATTAGC20AGCTTTTGCTCCCTGTGTGT2060101
>01_178622103(CA)12CAACGTAAACAATGCACAAC20TGCATGAAGCTCTGTTAGAA2055162 - 167
>01_199572078(CA)16CTCTTGTAACGTGTGAAGCA20TCAAGGAGGTGGTATTTGTC2055205 - 215

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chr.02

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>02_001318108(CA)19GAGGATTTGTGTCCAACATGG21TGTGCAAAGGATGACCAAGA2055180 - 198
>02_017229581(CA)7CGAACAAATCTGGTAGGTGT20GCTTCTTGAATTAGGTGTGC2055267 - 269
>02_017378655(CA)10ATAACTCCTGATGGCAACAC20GTTTCATACAACCACCTGCT2055225 - 264
>02_034360168(CA)15AGGACAACCGACCTAAACTT20AGGAAGAGGAAAAATGGGTA2055243 - 250
>02_035008254(CA)07AGATGTTACGCTGGCATTAT20TCTAAGGCTGTGCTTATGGT2055153 - 154
>02_048838631(CA)7GCAGAAATTACCCCACAGGA20AAGGTGATCTTGCCTGAGGA2060125
>02_060785720(CA)22TGCCCATCTTCCACCTAAAG20AACACCTTACGGCTGAATGC2060121 - 128
>02_087083826(CA)22ACCTTATTTTCTGCAGCACT20GGAATGCAACAAAATCTCC195596 - 122
>02_120254783(CA)8TTGAGGCTCTGGATAACACT20GCAATCTTTTATCTGCTGCT2055186 - 190
>02_153538038(CA)9AGCAAGGTCATCATTAGCAT20CTTTGAGTATTTCCCCCTTT2055271 - 281
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chr.03

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>03_000818927(CA)7GTGAATGAAAACACACAGCA20TCCATTCTAAGTTCCAAAGC2055295 ‐ 312
>03_026500324(CA)15TGGCCAGGAATAGTGAGGTC20TATTTTGCGTTGTGCTTTGG2060192 - 193
>03_028741324(CA)17CTAAGCCTTGAAAACCTCTG20GGCAATATGTTTGACAGGAA2055349 - 354
>03_055637427(CA)12AGGGAAGCTAACTCCAGAAC20TGCCAGTAGTTTGTCAAGAA2055185 - 193
>03_084694033(CA)12AAGAGGAACAAACGACACTG20ATTGCATCTTGGCTCATATC2055239
>03_111029449(CA)10GAAAGAAGGAAACAACCACA20ACGATGCAGAGGTATTTTGT2055135 - 162
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chr.04

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>04_000875758(CA)18TCATCTGCTGCCTGAAGT18AATATCACCTGTGCTCTGCT205584
>04_023898615(CA)12GCATGATATGGAGCATATTG20TGTGAAGTGTTCACTGTGTTG2155129
>04_046020835(CA)36TATCTGATATGCACCCACAC20GTTTAGATTGAAGCCAGCAC2055201
>04_064546837(CA)9GGCACAGACACACACACACA20TGGAGAGAAGGAAGGTTGGA2060112 - 128
>04_091270131(CA)7GGCTGAACTTTGACTTTGAC20GATCTTCTTGGGACTCTTCC2055124 - 126
>04_092083578(CA)14GCACAAGTCCAATCTCATCT20GAAAGAATTGGAGAAACGTG2055235 - 270
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chr.05

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>05_030612908(CA)18TCCGTGTGACATCTTAACAA20GGCGTGAGTGCTCTAAGATA2055166
>05_060973011(CA)10AAGCGCTCCATCATACACT19CAAGAGGTTAAAAGCAAGGA2055122 - 129
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chr.06

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>06_002529991(CA)14TCATGGTAAGTGAAGCACAG20AAGCAGTTGCTTTGTGGA185591 - 110
>06_016019207(CA)7AGCTATCCTTCAGCAGTGTGG21AGTGTCAGGCCTGGGTTATG2060229 - 233
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chr.07

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>07_000101774(CA)17TGGTTGTCTCAATACGTCAA20GAAGGCTTTTAGAGTGCTTG205595 - 104
>07_019092441(CA)16ACATTGCACTAAAGGCATTC20TGTAATTTTCTGGCCTGAGT2055288 - 298
>07_034093011(CA)8TAATTTACGGCTTCTTCTGC20CAGTACGCCTTCTGGATTAC2055174
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chr.08

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>08_000420926(CA)14TAATAACACGGAGCACACAG20ACTTCAGCATCTGACAGTCC2055108 - 139
>08_015006286(CA)7ATAATGCAGCAGCACACATA20TAAAGGCAACTCTTTTGAGG2055240 - 246
>08_029494594(CA)10GGTTGCTTAAAAGCATTCTG20TGCATCTTTGTAAAGGCTCT2050245 - 262
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chr.09

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>09_004046813(CA)19CATAGTTTTGGCTCCCTATG20CTTGTAGGTTGAGGGAAAAA2055115
>09_015687066(CA)12TCCTGTTTTGAAGAGATGCT20TTTGAGCAAAGAGGTGTTCT2055247 - 258
>09_023037290(CA)24TTTTCTTCCTGGTCACATTC21GACTTTCAATGGTGGAGTTC2055138 - 146
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chr.10

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>10_000867825(CA)12GCCAAGATACAGAGAAGGAA20CCAGACACCAAAAATCTCAG2055168
>10_011245908(CA)9TGGATATAGGAGGTGTTTATGC22AACTCGGTGTGAATCTGTTT2055191 - 193
>10_020686172(CA)11GGTAATTAAGCTGCCTGCTA20ATTCACATCCTCCCTCCTAT2055236 - 238
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chr.11

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>11_000473081(CA)16CTTCCCTCCATCCACACT18CTCTGCCCTTCCTTTTAGAG2055243 - 246
>11_010316451(CA)8GTCAATAAGGAGCTGCAGAG20CAGGCAGATTTAGGAAACAG2055189 - 204
>11_020832164(CA)13CACTGTGAGAAAATCACCAA20GCAACAGGAGAAAGACAAAC2055120 - 137
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chr.12

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>12_000728518(CA)7ATGGTAACTGCAATGGAATC20ACGTTGATTACTCTGGTTGC2055145 - 147
>12_009941025(CA)8ACATGATCCTGCTCAGAAAA20AGATGGAGTGGCATCATTAC2055121
>12_020225082(CA)7AGCACATCAAATTACGTTCC20TGTTTCCTAACAGCACAGAA2055259 - 281
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chr.13

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>13_000965020(CA)11ATCCTCACAGATAGCAGCAT20ACATCAGATCCCACAGCTT1955225 - 234
>13_011188518(CA)9CTCTTTCTCCTAAGCGATGA20GGGGAATTACGGTTTCTATC2055153 - 167
>13_017408391(CA)16TTCCTCCCTTTTGGTGAGTG20CAGTTGGCAGCTGAGAATCA2060244
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chr.14

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>14_000500969(CA)10TCTGAATGTTGCTGTTGCTA20AAATGCTTGACTTTGTGGAG205098 - 105
>14_001910237(CA)7CAAGCCTCACACGGTGTCTA20TTGGGGACTGAAGAAGGTTG2055290
>14_007438907(CA)17ATGACCCAATGTTGATCAGT20TGCTGTCACTGATTCTGAAA2055172 - 193
>14_014752970(CA)12CACTGGGCTGAAGGTTTTGT20CGTGTGAACGGACTCTTCTG2060276 - 289
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chr.15

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>15_000139064(CA)9GCCCTTGAAACATGACTATC20TCAGATGGGGAAAATACATC2055106
>15_006172724(CA)11AGAAGTGGGTTTCTGATCCT20GCAAGACAATCCTTGCTAAA2055147 - 161
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chr.16

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>16_000148392(GT)8TTCCAGCCCTTGCAATAAAC20TTAGCACCCCATTCTCAACC2055251 - 259
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chr.17

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>17_000921245(CA)7TGCACTCAATCAGCAGGAAC20CTCCTGGCATTCCTTAGCAG2060182 - 184
>17_010191322(CA)7AATAAGGAGGAAAGCAGGAG20CCTGTCTGCTCAAGTTCTTT2055106
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chr.18

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>18_000787018(CA)8AAGAGCTCCTGATAACACCA20AGTTATCAGTGGGGATGTTG2055171
>18_001728478(CA)7TTCTTACACCCTGCTTCTTC20CCACATCCATTGAGTCCTAT2055195 - 198
>18_006798782(CA)10CGTTACCTGAGGTGCTCACA20AACTGCTGAGCTTGGGTTGT205570 - 72
>18_010102782(CA)8TATTAGGCCAATCTGCATTC20CAGAGCTGGTTTTCTTCCTA2055142 - 156
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chr.19

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>19_001478787(CA)10CTCTCCGTGACCCAGTAAGC20GTTGGTATGGTGCCGAATCT2055301 - 309
>19_003730647(CA)15CTACAAACCTTTCCCATCAC20GTACCACCTGCACTGAAACT2055151
>19_009452694(CA)8CATTATGGGACGTTTCAACT20CCACGAGAGGATTTTACTTG2055310 - 316
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chr.20

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>20_000620799(CA)20ACCCGATGGAACTGTTATTA20TGTATTTCCTGACTGCCTTT2055125 - 127
>20_007011675(CA)17TGCTAATTCTAGGAGGATGG20CCAGGACTTTAAGAAATACTGC2255122 - 124
>20_013106568(CA)12AAGCAAGAGAAATGGTGTGT20TTAAGCAGGTCCCTATACCA2055204 - 208
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chr.21

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>21_000340098(CA)12TACAGACCACTCAAACAGCA20TTAATTATCCCCATGTCTGG2055124 - 148
>21_006240251(CA)9AGCACTGTTCCTAATGGTGT20AATATGGAAAACAGGGAGGT2055234 - 244
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chr.22

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>22_000080959(CA)7TTATCTGACTCCAGGACAGC20CATGTTTGGTGTGTTTTGAG2055164
>22_003807885(CA)7TCCCAAGAAAAACCATCACG20GGCTCCCTTTAGCAACTCCT2055134 - 136
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chr.23

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>23_000574159(CA)8GCATTCATATTTGTGCAGAC20ATGTTGCTGCACGTTTCT1855176 - 199
>23_002807014(CA)10GTTCTGAACATCCAGCAGCA20ACAACCCATGCAATCTTTCC2060248
>23_005539698(CA)22CGTCTTAATTACCAGCAAGG20CTGTCGCTGTCAGACTGTAA2055202
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chr.24

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>24_000887291(CA)7TTGTTTGTGACAGAGATGGA20ACTTTCCCACCACTTTCTCT2055169
>24_002462058(CA)8GGTCCATTTGGAGCTTCTCA20GGGGAGCTCTTAGTGCCTCT2060198 - 199
>24_006343066(CA)10TTCCTTCCTTATACCCCTTC20AATTCTCAATCTGCCATCAG2055193
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chr.25

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>25_000081230(CA)12ACAGACATTACATGCACACAC21AGCTCAATTAGCACAAGAGC2055177 - 199
>25_001229511(CA)8AAGGAGTTGCCAAACCAAAT20CACAGTGCCATGTTCTGCTT2055171 - 175
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chr.26

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>26_001218692(CA)9AAGTCTTGGTCCCTTTTCTC20CCAGCTCCTATGCATCTATC2055267 - 288
>26_004650401(CA)17CCTTCTCCAGCTCCTTATG19ACAGGAAATACGCACAGAGT2055232
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chr.27

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>27_001904060(CA)10CCAGCACTAAGTATGGCTTC20AGATGGGCTGCAAGTGTAT1955147
>27_003893674(CA)14AGCTGCAGACCTCACAATCA20AACCCCAGAGAAAGCCAGAT206093 - 95
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chr.28

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>28_000385420(CA)8AGGAACAAAGCCAACACTT19CACCTCTGTCTGTGTCCTCT2055134
>28_002639310(CA)8GAGGTCTTTGTATTCCCACA20TTCCTACAAGGCTCTCACAC2055238 - 239
>28_003589311(CA)9TATTTCTGTGCTGCGTTTC19GTTCCGTGCTGGAAATAAC1955116 - 144
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chr.Z

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>Z_002501282(CA)12ACTGCAGCAAGAGAAAACAT20ATGCTGAGCCCTCATTAAC1955134
>Z_021605374(CA)14GCAACCCACAGACAGACAAA20CCACAGTACCAGCTGTGAGG2060147
>Z_035289166(CA)7GGGCAGCTTGTCAGGATAAA20AATGGCCTTCTTCATCTCCA2060302 - 333
>Z_043052730(CA)7TGCACAGATTAGGCAAATGG20TCTGCTGTGGTCAAATGGAG2060167
>Z_043163050(CA)17GAGGCAGAGGAAAGAATTTGC21TGCATGAAGCATCACAAAGTT2160262 - 279
>Z_051143622(CA)7CAGCTGGTGGAATCTGTTCA20TCTCAGCAGGGCTAGTGGTT2055191 - 200
>Z_070620607(CA)17TCTGCTCTCACTCCTGCTGA20GAAGACAGAGGGCAAGTTGG2055126
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chr.W

Locus NameNumber of CA repeatsForward primer (5'-3')Primer length (bp)Reverse primer (5'-3')Primer length (bp)TASize range
>W_000064678(CA)7TTTGGTATTTCAGGGTATGC20TTAAGGAGTCTTCTGCTTGC2055131
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