NBRP ナショナルバイオリソース ニワトリ・ウズラ

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名古屋大学大学院生命農学研究科附属
鳥類バイオサイエンス研究センター
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ニワトリ ウズラ
野生原種高度近交化系長期閉鎖系閉鎖系
疾患モデル系育成系TGニワトリ
標準系大型系 疾患モデル系
ミュータント系TGウズラ 別種のウズラ
マイクロサテライトマーカー mtDNA多型情報
遺伝的多様性アリル頻度分布図
表現型一覧 遺伝的多様性

Gene diversity

54個のマイクロサテライトマーカーによるニワトリ 19系統の遺伝的多様性 (Nunome et al., 2019, Exp. Anim.)
マイクロサテライトDNAマーカーリストのダウンロード *リストのマーカー名はNCBI Genebankの登録名を使用

系統名個体数平均アリル数ヘテロ接合度(観察値)
GSP391.040.01
GSN/1361.000.00
YL341.220.04
PNP341.060.01
ブラックミノルカ(BM-C)201.070.03
白色レグホーンG(WL-G)451.240.08
白色レグホーンM/O(WL-M/O)231.740.28
褐色レグホーン(BL-E)261.170.07
ロードアイランドレッド(RIR)411.460.18
ゲームバンタム(GB)271.610.18
白色ワイアンドット(CAL)211.760.25
ダンダラウィ(DD)381.540.12
白烏骨鶏(SIL)331.590.18
チャーン(CHN)241.980.27
エヒメジドリ(EJ)193.560.51
プチコッコ(PC)391.700.26
チャボ(JB)302.800.44
コーチンバンタム(CB)411.690.18
#413(筋ジストロフィー発症系)181.200.09
OS(Obese strain)401.460.14
赤色野鶏(RJF)532.830.37

高度近交化系のうち、GSPとGSN/1は54個のマイクロサテライトマーカーのほとんど全てが、1つの対立遺伝子に固定されている。
さらにブラックミノルカや、長期閉鎖系の(およそ40年間、閉鎖集団で維持している)白色レグホーンGや褐色レグホーンも上記2系統に続いて、高い近交度を示している。

ニワトリリソースの系統的位置


ミトコンドリアD-loop領域のDNA配列にもとづく系統樹(Nunome et al., 2019, Exp. Anim.)


これまでに世界中から数多くのニワトリのD-loop配列が調査されており、それらは主要な5つのハプログループA-Eとマイナーなハプログループに分けられている(Liu et al., 2006, Mol Phylogenet Evol; Miao et al., 2013, Heredity)。 ニワトリリソース19系統からはハプログループA、D、Eに属すハプロタイプが見つかり、 地中海周辺の地域を起源とするレグホーン系やBMC、ポーリッシュバンタムなどは、はインドから欧米むけてに広まったとされるハプログループEタイプを、 日本在来鶏である名古屋種やエヒメジドリは、東アジアに広く分布するハプログループAタイプを、 ベトナムに由来するチャボや沖縄の在来鶏であるチャーンは、東南アジアからオセアニアに広がったハプログループDタイプを持っていた。

19系統の遺伝的類縁関係


54個のマイクロサテライトマーカーによる系統樹 (Nunome et al., 2019, Exp. Anim.)


ファヨウミ由来の4系統ヨーロッパ原産の系統、そしてアジア原産の系統に分けられた。
CALは白色ワイアンドットと名古屋種の交雑系統であるため、ヨーロッパグループとアジアグループの中間に位置している。
ロードアイランドレッド由来のプチコッコとニューハンプシャー(ロードアイランドレッドの改良品種)由来の#413がRIRと近縁であることや 日本のニワトリであるチャボやエヒメジドリ、白烏骨鶏が互いに近縁であることなどから、この系統樹は各品種の作出の歴史を良く表していると考えられる。
なお、TGニワトリ(pLSi/ΔAeGFP-TGニワトリ)は遺伝的には白色レグホーンM/Oと近縁である。

系統判別用MSマーカー


系統固有のアリルが見つかったマイクロサテライトDNAマーカーのリスト
キメラ作成時に、どちらの系統由来の細胞か、などの判別用に用いることができる。
*用いるサイズマーカー(Size Standard)や解析機器などによって、
フラグメントサイズに±数 bpの誤差が生じるが、判別は可能である。


LineLocusFragment size of allele (bp)
GSPLEI0094282
YLADL0273136
PNPMCW0252297
PNPMCW0216146
BM-CADL0257198
BM-CLEI0196187
BM-CADL0112132
WL-M/OMCW0112278
BL-EMCW0103267
BL-EMCW0014182
RIRMCW0034240
RIRLEI0075171
DDLEI0166346
SILMCW0252299
SILLEI0196204
SILLEI0099133
SILMCW0123100
CHNLEI0075168
CBADL0146155
CBADL0273137
OSADL0257173
OSLEI0228412
RJFMCW0248222

参考文献:
  • Nunome M, Kinoshita K, Ishishita S, Ohmori Y, Murai A, Matsuda Y. Genetic diversity of 21 experimental chicken lines with diverse origins and genetic backgrounds. Experimental Animals 68: 177-193, 2019.
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