家畜、家禽、実験動物などを対象とした動物の遺伝学・育種学を基盤として、量的形質の遺伝子支配の解明、有用遺伝子資源の発掘・利用、実験動物の開発・利用、などに関する研究を通じ、食と健康の質的向上を目指す。

脊椎動物のゲノムとそのエピジェネティックな制御機構がどのように成り立ち、またどのように変化して生命機能や進化に寄与しているのかをゲノム科学や遺伝学的手法を用いて研究し、動物の機能と性質について、細胞、個体および集団レベルで理解する。

マクロ・ミクロ解剖学を基盤とし、「変形と形成の学説」として形態学を位置づけ、鳥類・哺乳類がおこす変形や形成の分子基盤を明らかにする。動物をとりまくマクロ・ミクロ環境への応答、適応、遺伝を主眼に先駆的な研究を行う。

ユニークな特色を持つ動物種をモデルとして、動物の巧みな生存戦略を分子・細胞レベルから個体・行動レベルまで、システムとして統合的に理解する。さらに、分子の力でこれを制御し、動物の生産性とヒトの健康の向上に貢献する。

生殖機能の制御メカニズムに関する神経内分泌学的基礎研究とそのメカニズムを利用した畜産や創薬への応用研究を行う。

哺乳類・鳥類を対象とした栄養学を基盤にして、代謝性疾患の予防と改善を目指した遺伝的・栄養的因子の解明、生体防御機能の強化に繋がる栄養的因子の探求、鳥類の栄養的生理機能の解明とその卵肉生産への応用、等の研究を展開して、食と健康の向上に貢献する。

産業動物のもつさまざまな生理機能の調節メカニズムに関する基礎研究と、それらの機能を利用した動物生産にかかわる応用研究をフィールド科学教育研究センター・東郷フィールドにおいて実施し、効率的・持続的な動物生産技術の開発に資する。

遺伝学、発生学、ゲノム機能科学的手法を用いて、鳥類が持つ多様な生命現象の分子基盤を解明するとともに、他の脊椎動物との比較解析研究を通して鳥類の生物学的特性を明らかにする。また、名古屋大学におけるニワトリ・ウズラのリソース事業を推進する。

魚類を中心とした水産動物の神経系、感覚器、運動器、ペプチドニューロンに関する形態学的、生理学的、進化行動学的研究を推進し、水産動物の機能を解明するとともに、論理的思考力をもった人材を教育・育成することを目指す。

昆虫に特異的なウイルスの構造や増殖の仕組み、ウイルス感染によって特異的に現れる新規な昆虫の機能を、分子や細胞のレベルで研究し、昆虫ウイルスの新たな利用法の開発や、生物資源としての昆虫の活用をめざす。

恒常性維持システムとして重要である昆虫の神経系・免疫系・内分泌系・薬物代謝系に関する基礎研究により昆虫の持つ諸特性を解明するとともに、それらをターゲットした新しい害虫防除システムの開発を通じて国内外の食と健康に貢献する。