植物細胞・組織の機能分化，植物の多様性と環境適応，環境ストレスに対する応答について，構造と機能の両面からの理解を図り，作物を始めとする様々な有用植物の生理機能解明とその応用展開を行う。

栽培植物の環境ストレス応答および形態形成に関する遺伝育種学的研究ならびに新機能開発に関する生物工学的研究を行う。特に作物の過湿ストレスに対する応答・適応機構の解明のための遺伝育種学・分子生物学・生理学的研究を遂行する。

作物の生産性向上と持続的生産との両立を目指した作物個体・群落の生理・生態に関する研究教育を行う。

様々な環境下での作物生産性の高位、安定を目指し、作物の環境適応性の生理・分子機構の解明及び国内外でのフィールド実証研究を基盤とした、作物と、環境や栽培技術との相互作用に関する教育研究を行う。

園芸作物の生産性向上のためのバイオテクノロジーおよび生理学・生化学・分子生物学的研究を遂行する。例えば、花器官の形成、開花、花色に関する生理、果実の結実生理および糖や二次代謝産物などの物質蓄積の解明とその制御。

植物を病害から保護するため、植物に備わる抵抗性機構の解明や、病害制御に役立つ微生物の探索とその作用機序についての研究を展開する。

植物は、病原体を始め様々な侵略者との生物間相互作用において独自の免疫機構を備えている。植物病原菌や害虫に対する植物免疫機構の解明と、その分子機構に基づいた植物生産技術の開発に貢献する研究を目指す。

作物の遺伝情報、形態や生理特性に関する情報、生産物の収量や特性、土壌や気象等の生育条件等の様々な情報を収集し、それらの関係性を情報学的手法で解析することで有益な情報を抽出し、品種改良や栽培管理の改善を通じて作物生産の向上に貢献する。

農業経済学と食料経済学を分析フレームワークの基本とし、自然・技術・経済・政治・社会と結びついて多様化する食料、農業、環境、地域社会に関する諸問題の実態解明に取り組む。これを通じて、国際的視点を備えた持続可能な社会システムの構築に貢献する研究の展開ならびに教育を行う。

イネを中心とした作物の多様性に着目し、成長や環境ストレス耐性を制御する遺伝子を同定すると共にその分子機能の解明に取り組む。また得られた知見をもとに育種に利用し作物の改良を推進する。

作物のゲノム情報、農業重要遺伝子の分子遺伝学的及び植物生理学的解析、集団遺伝学的解析などから得られた知見を集積することで育種に活用しつつ、DNAからフィールドまで、一気通貫型の育種学研究を展開する。

イネを中心に研究に役立つリソースの開発、収集、保存を行うとともに、これらの材料に見られる遺伝的変異を利用してイネの草型や形態形成に関与する変異体の原因遺伝子を単離･同定する。植物分子育種分野と共同してその機能と構造を明らかにするとともに、それらの情報をゲノム育種などに応用する。

地域資源の開発と利活用、それを可能とする環境の保全による持続的発展を目指し、世界の食需要の多様化や気候変動に対応するための熱帯原産農林資源の探索や形質評価を行う。

地域資源の開発と利活用、それを可能とする環境の保全による持続的発展を目指し、生物資源の有用形質遺伝情報の解析に関する研究を行う。

アフリカの熱帯地域における持続的な適正農林業生産技術の開発、新資源・技術の馴化と普及を図り、研究成果に基づく社会実装を実現することを目指す。

アジアの熱帯地域における持続的な適正農林業生産技術の開発、新資源・技術の馴化と普及を図り、研究成果に基づく社会実装を実現することを目指す。