ニワトリ	ウズラ
野生原種高度近交化系長期閉鎖系閉鎖系 疾患モデル系育成系TGニワトリ 始原生殖細胞株（Primordial germ cell lines）	標準系大型系 疾患モデル系 ミュータント系TGウズラ 別種のウズラ マイクロサテライトマーカー mtDNA多型情報 遺伝的多様性アリル頻度分布図 血液生化学データ
表現型一覧 遺伝的多様性接種中のワクチン 血液生化学データ

Gene diversity

54個のマイクロサテライトマーカーによるニワトリ 19系統の遺伝的多様性 (Nunome et al., 2019, Exp. Anim.) マイクロサテライトDNAマーカーリストのダウンロード *リストのマーカー名はNCBI Genebankの登録名を使用

系統名	個体数	平均アリル数	ヘテロ接合度（観察値）
GSP	39	1.04	0.01
GSN/1	36	1.00	0.00
YL	34	1.22	0.04
PNP	34	1.06	0.01
ブラックミノルカ（BM-C）	20	1.07	0.03
白色レグホーンG（WL-G）	45	1.24	0.08
白色レグホーンM/O（WL-M/O）	23	1.74	0.28
褐色レグホーン（BL-E）	26	1.17	0.07
ロードアイランドレッド（RIR）	41	1.46	0.18
ゲームバンタム（GB）	27	1.61	0.18
白色ワイアンドット（CAL）	21	1.76	0.25
ダンダラウィ（DD）	38	1.54	0.12
白烏骨鶏（SIL）	33	1.59	0.18
チャーン（CHN）	24	1.98	0.27
エヒメジドリ（EJ）	19	3.56	0.51
プチコッコ（PC）	39	1.70	0.26
チャボ（JB）	30	2.80	0.44
コーチンバンタム（CB）	41	1.69	0.18
#413（筋ジストロフィー発症系）	18	1.20	0.09
OS（Obese strain）	40	1.46	0.14
赤色野鶏（RJF）	53	2.83	0.37

高度近交化系のうち、GSPとGSN/1は54個のマイクロサテライトマーカーのほとんど全てが、1つの対立遺伝子に固定されている。
さらにブラックミノルカや、長期閉鎖系の（およそ40年間、閉鎖集団で維持している）白色レグホーンGや褐色レグホーンも上記2系統に続いて、高い近交度を示している。

ニワトリリソースの系統的位置

ミトコンドリアD-loop領域のDNA配列にもとづく系統樹(Nunome et al., 2019, Exp. Anim.)

これまでに世界中から数多くのニワトリのD-loop配列が調査されており、それらは主要な5つのハプログループA-Eとマイナーなハプログループに分けられている(Liu et al., 2006, Mol Phylogenet Evol; Miao et al., 2013, Heredity)。 ニワトリリソース19系統からはハプログループA、D、Eに属すハプロタイプが見つかり、 地中海周辺の地域を起源とするレグホーン系やBMC、ポーリッシュバンタムなどは、はインドから欧米むけてに広まったとされるハプログループEタイプを、 日本在来鶏である名古屋種やエヒメジドリは、東アジアに広く分布するハプログループAタイプを、 ベトナムに由来するチャボや沖縄の在来鶏であるチャーンは、東南アジアからオセアニアに広がったハプログループDタイプを持っていた。

19系統の遺伝的類縁関係

54個のマイクロサテライトマーカーによる系統樹 (Nunome et al., 2019, Exp. Anim.)

ファヨウミ由来の４系統、ヨーロッパ原産の系統、そしてアジア原産の系統に分けられた。
CALは白色ワイアンドットと名古屋種の交雑系統であるため、ヨーロッパグループとアジアグループの中間に位置している。
ロードアイランドレッド由来のプチコッコとニューハンプシャー（ロードアイランドレッドの改良品種）由来の#413がRIRと近縁であることや 日本のニワトリであるチャボやエヒメジドリ、白烏骨鶏が互いに近縁であることなどから、この系統樹は各品種の作出の歴史を良く表していると考えられる。
なお、TGニワトリ（pLSi/ΔAeGFP-TGニワトリ）は遺伝的には白色レグホーンM/Oと近縁である。

系統判別用MSマーカー

系統固有のアリルが見つかったマイクロサテライトDNAマーカーのリスト キメラ作成時に、どちらの系統由来の細胞か、などの判別用に用いることができる。 *用いるサイズマーカー(Size Standard）や解析機器などによって、 フラグメントサイズに±数 bpの誤差が生じるが、判別は可能である。

Line	Locus	Fragment size of allele (bp)
GSP	LEI0094	282
YL	ADL0273	136
PNP	MCW0252	297
PNP	MCW0216	146
BM-C	ADL0257	198
BM-C	LEI0196	187
BM-C	ADL0112	132
WL-M/O	MCW0112	278
BL-E	MCW0103	267
BL-E	MCW0014	182
RIR	MCW0034	240
RIR	LEI0075	171
DD	LEI0166	346
SIL	MCW0252	299
SIL	LEI0196	204
SIL	LEI0099	133
SIL	MCW0123	100
CHN	LEI0075	168
CB	ADL0146	155
CB	ADL0273	137
OS	ADL0257	173
OS	LEI0228	412
RJF	MCW0248	222

参考文献：

• Nunome M, Kinoshita K, Ishishita S, Ohmori Y, Murai A, Matsuda Y. Genetic diversity of 21 experimental chicken lines with diverse origins and genetic backgrounds. Experimental Animals 68: 177-193, 2019.

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