NBRP ナショナルバイオリソース ニワトリ・ウズラ

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名古屋大学大学院生命農学研究科附属
鳥類バイオサイエンス研究センター
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ニワトリ ウズラ
野生原種高度近交化系長期閉鎖系閉鎖系
疾患モデル系育成系TGニワトリ
標準系大型系 疾患モデル系
ミュータント系TGウズラ 別種のウズラ
マイクロサテライトマーカー mtDNA多型情報
遺伝的多様性アリル頻度分布図
表現型一覧 遺伝的多様性

ミトコンドリアD-loop領域の多型情報

ミトコンドリアDNAのDloop領域(278 bp)のハプロタイプと多型 (Nunome et al. 2017
プライマー:Forward 5'-CCTAACTCCCCTACTTAGTGTACC-3', Reverse 5'-TCTCGTGAGGTGTACGATCAAT-3'
由来 ハプロタイプ名 変異サイト (bp)
7 68 145 152 163 164 170 173 186 193 214 225
実験用ウズラと野生ウズラ JqD1 CCAA-CGATAGG
JqD2 T C A A - T G G T A G G
JqD3 T C A G - T A G T G G G
JqD4 C T A A - C G A T A G G
JqD5 T C A A - T A G T G G G
JqD6 T C G A - T G G T A A G
野生ウズラのみ JqW1 T C A A T C G G T A A G
JqW2 T C A A - T G G C A G G
JqW3 T C A A - C G G T A G A

実験用系統が保有しているハプロタイプ
系統名/ハプロタイプD1D2D3D4D5D6
LWC
RWN
QUV
WE
AWE
AMRP
rb-TKP
NIES-L
NIES-Fr
NIES-Br
NIES-Hn
商業用ウズラ
ハプロタイプの系統関係

ハプロタイプの系統関係


ニホンウズラのD-loop配列には大きく二つのグループがある。
D1とD4はヨーロッパの家禽ウズラのハプロタイプ(H1、F1W1など)とともにGroup1に属し、
D2、D3、D5、D6は野生ウズラのハプロタイプ(W1-W3H63)とともにGroup2に属す。
制限酵素サイト

ハプロタイプ判別用制限酵素サイト


NsiI                              SnaBI
 ATGCA/T                              TAC/GTA
 D1,D4は切れる                         D4は切れない
actatgyataatcgtgcatacatttatattccacatatactatggtaccggtaatatatattatataygtactaa 1 to 75

                                 MvaI
                                 CC/WGG
                                 D6は切れない
acccattatatgtatacgggcattacatattgtccccatttctccccatgtacattagtgcatgctccargacat 76 to 150

   HphI     AccI                   MaeII
   /(N)7TCACC  GT/MKAC (88 bpにもあり)        /GTNAC
   D1,D4は切れる D1,D4は切れない             D6は切れる
araccatacgttyacctartartagactttccacyaacaggrcaccataactatgaatggttrcaggacaaarc 151 to 225
        MaeI           BshNI(BanI)
        C/TAG (258 bpにもあり)   G/GYRCC
        D3,D5は切れない     D3,D5は切れる

ttactaaatacttagctccccatttggttatgctagacgtaccagatggattt 226 to 278




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