各種データベースの活用 (2018年度版）

第2回目（10/10）文献データベースと特許データベース

第3回目（10/17）遺伝子データベース

第4回目（10/24）遺伝子解析のためのツール

第5回目（10/31）ゲノムデータベース

リンク集

データベース検索：

1. PubMed: 論文検索
2. NCBI databases：総合データベース
3. Google Scholar：文献データベース
4. 特許情報プラットフォーム ：特許データベース

ホモロジー検索：

1. BLAST [NCBI]
2. BLAST [GenomeNET]
3. FASTA [GenomeNET]

 

配列解析：

1. EMBOSS Transeq ：DNA配列をアミノ酸配列に変換
2. GENSCAN：スプライシングの予測
3. ORF Finder：ORFの予測
4. clustalW： アライメント
5. PlantPAN ：プロモーター・転写因子解析（植物）
6. PLACE ：シス配列の検索（植物）
7. MOTIF ：タンパク質モチーフ
8. pI/Mw： 等電点、分子量の予測
9. EMBOSS Seqret： 配列データのフォーマット変換

 

解析用配列

plasmid pUC19

plasmid pUC18

ovalbumin gene

E. coli lactose operon

E. coli beta-galactosidase gene

Saccharomyces serevisiae actin gene

Wheat histone H4 gene

Arabidopsis ACT2 gene

未知mRNA X

 

制限酵素マップ：

1. WebCutter　：制限酵素切断部位解析ソフト
2. NEB Cutter　：制限酵素メーカーによる制限酵素切断部位解析ソフト

 

ツール集：

1. Bioinformatics tools ：遺伝子・蛋白質の統合データベースおよび解析ツール集
2. Biology Workbench 3.2 ：タンパク質・核酸解析ツール、サンディエゴスーパーコンピュータセンター（登録必要）
3. NCBI tools for data analysis ：データベース検索・相同性検索

 

配列データバンク：

1. GenBank：アメリカ
2. EMBL：ヨーロッパ
3. DDBJ：日本
4. SWISS-PROT：ヨーロッパ、タンパク質データベース
5. NCBI Site Map: NCBIのサイトマップ
6. ゲノムネットWWWサーバー: 各種データベースおよび解析ツール
• リンクマップ：データのサイトマップ
7. 日本DNAデータバンク: DDBJ ：生命情報研究センター
8. 国立遺伝学研究所 ： SAKURA ：オンライン遺伝子登録。

 

ゲノムデータベース

1. Yeast genome databese : 酵母のゲノムデータベース
2. DOGAN 　: こうじ菌を始めとする微生物ゲノムのデータベース
3. Fly base : ショウジョウバエのゲノムデータベース
4. TAIR : シロイヌナズナのゲノムデータベース

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