生物情報工学II (担当　芦苅）遺伝子の配列解析

第６回目-1（11/7）遺伝子の予測と機能解析

　　　　-2（11/7）演習

第７回目-1（11/14）DNA配列から遺伝子を探す

　　　　-2（11/14）DNA、アミノ酸のアラインメント、系統樹解析

　　　　-3（11/14）演習

第８回目-1（11/21）様々なデータベースを使った遺伝子の解析

　　　　-2（11/21）Genetyxを用いた解析

　　　　-3（11/21）演習

第９回目-1（11/28）KEGGを用いた解析

連鎖解析

出席と宿題の提出　提出方法

リンク集

データベース検索：

  1. PubMed: 論文検索
  2. Entrez：総合データベース
  3. Google：何でも検索
  4. Google Scholar：科学に関する検索
  5. 特許データベース
  6. 名古屋大学ポータル

ホモロジー検索：

  1. BLAST [GenomeNET]
  2. FASTA [GenomeNET]

配列解析：

  1. Splign ：DNAとcDNAのマッチング
  2. Blast align ：DNAとcDNAのマッチング
  3. EMBOSS program" ：DNAとcDNAのマッチング
  4. EMBOSS program" ：DNA配列をアミノ酸配列に変換
  5. BLAST(NCBI) ：遺伝子のホモロジー検索
  6. BLAST(DDBJ) ：遺伝子のホモロジー検索
  7. MEGANTE ：遺伝子の予測
  8. Softberry/FGENESH ：遺伝子の予測
  9. GENESCAN ：遺伝子の予測
  10. clustalW： アライメント
  11. InterProScan： ドメイン解析
  12. PSORT： 細胞内局在性予測
  13. GEO：遺伝子発現解析
  14. Gene Ontology：用語を用いた検索
  15. SSPN：スプライシングの予測
  16. ORF Finder：ORFの予測
  17. TFSEARCH ：転写因子結合部位の予測
  18. MOTIF ：タンパク質モチーフ検索
  19. pI/Mw： 等電点、分子量の予測
  20. RAP-DB：農水・イネゲノムデータベース
  21. MSU/TIGR：アメリカ・イネゲノムデータベース
  22. RiceXPro：農水・イネ発現データベース
  23. RiceFREND：農水・イネ共発現データベース
  24. SALAD：農水・遺伝子のドメイン構造によるの植物種横断比較
  25. Q-TARO：イネQTLデータベース
  26. Rice Knowledge Bank：IRRI・イネ栽培に関する情報のデータベース
  27. Next-Gen Sequence Databases：様々な植物種におけるトランスクリプトームやメチロームのデータベース
  28. https://www.agr.nagoya-u.ac.jp/~bioinfo/：アドレス

解析用配列

　1. ある遺伝子AのgenomeDNA配列

　2. ある遺伝子AのcDNA配列

　3. ある遺伝子XのgenomeDNA配列

　4. ある遺伝子XのCDS配列

　5. ある遺伝子YのgenomicDNA

　6. ある遺伝子YのcDNA

　7. Z1遺伝子のgenomicDNA

　8. Z1遺伝子のCDS

　9. Z1遺伝子の予想アミノ酸配列

　10. Z2遺伝子のgenomicDNA

　11. Z2遺伝子のCDS

　12. Z2遺伝子のアミノ酸配列

　13. 野生型SD1-genomicDNA配列

　14. 野生型SD1-cDNA配列

　15. カルロース-cDNA

　16. レイメイ-cDNA

　17. 十石-cDNA

　18. B1遺伝子cDNA

　19. B2遺伝子cDNA

　20. B3遺伝子cDNA

　21. B4遺伝子cDNA

　22. B5遺伝子cDNA

　23. B1遺伝子アミノ酸

　24.B2遺伝子アミノ酸

　25. B3遺伝子アミノ酸

　26. B4遺伝子アミノ酸

　27. B5遺伝子アミノ酸

　28. C1遺伝子アミノ酸配列

　29. C2遺伝子アミノ酸配列

　30. C3遺伝子アミノ酸配列

　31. C4遺伝子アミノ酸配列

　32. Gid1-GenomicDNA

　33. Gid1-cDNA

　34. OsExpansin Genome seq

　35. OsExpansin genes

　36. OsExpansin1 アミノ酸配列

　37. 他の植物のExpansin genes

　38. APETALA2

　39. salinity stress

　Host:133.6.17.108

　UserName:gcoe-genetyx

　pass word:xytenegeocg

制限酵素マップ：

  1. WebCutter　：制限酵素切断部位解析ソフト
  2. NEB Cutter　：制限酵素メーカーによる制限酵素切断部位解析ソフト

ツール集：

  1. IDEAS ：遺伝子・蛋白質の統合データベースおよび解析ツール集
  2. Biology Workbench 3.2 ：タンパク質・核酸解析ツール、サンディエゴスーパーコンピュータセンター（登録必要）
  3. DNA & Protein Analysis Toolkit ：タンパク質・核酸解析ツール、ロックフェラー大学

配列データバンク：

  1. GenBank：アメリカ
  2. EMBL：ヨーロッパ
  3. DDBJ：日本
  4. SWISS-PROT：ヨーロッパ、タンパク質データベース
  5. NCBI: NCBI
  6. ゲノムネットWWWサーバー: 各種データベースおよび解析ツール
    　・リンクマップ：データのサイトマップ
  7. 日本DNAデータバンク: DDBJ ：生命情報研究センター
  8. 国立遺伝学研究所 ： SAKURA ：オンライン遺伝子登録

ゲノムデータベース

  1. Yeast genome databese 酵母のゲノムデータベース
  2. DOGAN 　こうじ菌を始めとする微生物ゲノムのデータベース
  3. Fly base -ショウジョウバエのゲノムデータベース